在HACCP的运用过程中，使用微生物标准，是进行关键控制监测最有效的方法。关键控制点监测也可用物理、化学及感官评估等方法来完成。主要有以下6个程序： 

　　1.危害分析：要从原料的生产、加工工艺步骤以及销售和消费的每个环节可能出现的多种危害（包括物理、化学及微生物的危害）进行确定，并评价其相对的危害性，提出预防的措施。 

　　2.关键控制点（CCPS）的确定：关键控制点是指那些若控制不力就会影响产品的质量，从而危害消费者身体健康的环节。一般说来，关键控制点要少于6个。一旦被确定为关键控制点则都要照例进行监测。所以说，关键控制点的选择是HACCP系统的主要部分。 

　　3.设定管制CCPS的标准：对已经确定的每一个CCPS，都必须制订出相应的管制标准和适当的检测方法。经常管制的标准包括：时间、温度、水份活度（a.）、pH值、可滴定酸盐的浓度、防腐剂含量、有机氯浓度等。 

　　4.标准设定后，每一个CCPS都必须进行例行监测，以确保每一环节都维持在适当的管制状态下。每次CCPS检测的结果都要进行认真记录、存档，便于今后对可能出现的事故进行分析鉴定。 

　　5.CCPS修正计划：当发现某一个CCPS超出管制标准，应有临时性修正计划，该计划包括如何使CCPS回复到再管制状态以及建议在CCPS超出管制标准期间所生产的产品如何处理。 

　　6.HACCP系统有效性确认：HACCP系统有效性确认是通过对最终产品进行微生物、物理、化学及感官检测来完成的。特别是微生物检测是最为有效的确认指标，但微生物检测法通常不直接用来检测CCPS。有效性确认可以是厂家自查或请政府检测机构来完成。 

企业HACCP认证的主要程序：

　　认证机构作为第三方认证的基本程序一般分为以下几个阶段：认证资料审核受理、现场审核、纠正措施及跟踪、认证审核报告、认证后的监督。

　　1. 企业根据自己的实际情况，按照规定提出认证申请，填写《HACCP体系认证申请书》。在提出申请的同时阴干认证机构的要求提交相关资料。认证机构对申请企业岁递交的资料进行初步审核，决定是否受理其认证申请。认证文件资料的审核简称文审。文审时进行现场认证的基础。经资料初审可接受申请的，双方须签订认证合同，不予受理认证的认证机构应发放不予接受申请的通知书。

　　2. 签订认证合同后，认证机构组建审核小组，进入资料技术审核阶段。文件资料审核主要是对其符合性、系统性、充分性、适宜性、协调性进行的审核。根据审核情况，决定是否赴企业进行初防，初步了解企业HACCP体系运作情况，为审核的可靠性收集信息。在文件资料审核、初访的基础上，编制HACCP体系现场审核计划。

　　3. 审核组由组长、审核员、专业审核员组成，组内至少配备一名有相关专业能力的成员。 审核组要参加企业的见面会，按计划或方案进行现场审核。通过现场观察、记录审查、提问  抽查等方法，应对现场审核提出评审意见，归结审核证据，沟通审核结果，编写认证审核报告

　　4. 审核结论包括三种情况：推荐认证通过;推迟认证通过;不推荐认证通过。 在HACCP的认证过程中，纠正措施一般有现场跟踪验证;对纠正措施的实施记录追踪检查;对纠正措施实施方案的跟踪。要求三个月内完成纠正措施。根据《认证机构实施HACCP质量体系认证的认可基本(试行)》的规定，认证机构需每年组织全部体系进行一次复评，复评至少包括一次文件审查和一次现场审核。

　　认证机构可对获证企业进行监督审核，通常为半年一次，监督企业实施HACCP体系。