ISO14001认证有效地实施，组织应结合组织的类型、规模和特点，设置环境管理体系运行的综合管理部门(可以是临设，相当于前述的工作组)。作为管理者代表的主要助手和体系的专责部门，该综合管理部门的主要任务是落实环境管理体系的策划、建立、运行、协调和监督管理，不断发现体系运行中出现的问题并及时予以纠正、调整和改进。具体而言，其职责包括：
1、负责ISO14001初始环境评审的组织和策划。
2、负责ISO14001认证体系文件的编制与发布。
3、负责ISO14001认证体系实施运行中的组织协调。
4、负责体系实施的监测和测量。
5、协助管理者代表组织内部审核。
6、负责管理评审工作的组织和准备。
各部门可设一位内审员，负责本部门的体系建立与运行，这些人员可作为该综合管理部门(工作组)的兼职人员。
另外，还需要落实和完善环境管理的组织结构关系，可分为以下工作：
1、明确各职能部门的ISO14001环境管理功能和所涉及的管理体系要素。
2、明确ISO14001环境管理体系中各管埋要素的主要职能部门和相关职能部门。
3、指明各职能部门在实施相关管理体系要素中的主要职责和权限。
4、在环境管理体系的管理要素职能分配中应包含监督机制。除了在管理体系要素实。
施过程中加强自检、自查外，还应健全环境管理体系运行申的监督机制，从组织的管理机构上给予一定的保证。